開車族
非開車族
- 北上：墾丁→沿26號省道→沿17號省道→往東港→抵達東港碼頭→搭交通船到小琉球。
自行開車前往者，機車及自行車可隨人運至小琉球，汽車則須停靠於東港。 - 南下：國道一號高速公路→沿省道十七號公路→往東港→抵達東港碼頭→搭交通船到小琉球。
自行開車前往者，機車及自行車可隨人運至小琉球，汽車則須停靠於東港。
非開車族
- 航空停靠站：
小港機場，到站須轉搭其他大眾運輸（建議搭乘：中南客運或合作租車業者到東港碼頭搭船至小琉球碼頭），到東港碼頭須轉搭交通船至小琉球，船程時間約25分鐘。 - 高鐵停靠站：
左營站，到站須轉搭其他大眾運輸（建議搭乘：中南客運或合作租車業者到東港碼頭搭船至小琉球碼頭），到東港碼頭須轉搭交通船至小琉球，船程時間約25分鐘。 - 台鐵停靠站：
高雄車站，到站須轉搭其他大眾運輸（建議搭乘：中南客運或合作租車業者到東港碼頭搭船至小琉球碼頭），到東港碼頭須轉搭交通船，船程時間約25分鐘。